Pustý hrad. Vstupná brána Horného hradu. Foto: J. Beljak.

Prvé známe archeologické vykopávky na Pustom hrade uskutočnili v rokoch 1889 až 1891 Július Tomka a Ľudovít Leustach.
Hrad skúmal a výsledky výskumu v roku 1905 publikoval Prof. Jozef Könyöki – Ellenbogen.
Po polovici 20. stor. hradu venovali pozornosť Dobroslava Menclová, Gejza Balaša a Pavel Kuka.
V roku 1963 bol Pustý hrad vyhlásený za chránenú kultúrnu pamiatku, neskôr za národnú kultúrnu pamiatku.

Systematický archeologický výskum tu začal v roku 1992 a pod vedením Václava Hanuliaka pokračoval do roku 2008. V. Hanuliak sa zameriaval predovšetkým na odkryv hornej polohy Pustého hradu, tzv. Horného hradu. Priniesol kvantum nových informácii k vývoju tejto kľúčovej lokality v praveku a stredoveku, a „vychoval“ rad odborníkov v archeológii a histórii. Preskúmané plochy boli následne zrekonštruované a plocha v ich okolí odlesnená. Návštevník si tak dnes vytvorí komplexnú predstavu o rozmeroch a štruktúre tejto pamiatky. Od roku 2009 archeologický výskum na Dolnom hrade Pustého hradu realizuje Archeologický ústav SAV v Nitre pod vedením J. Beljaka.

Pôdorys Dolného hradu. Autori: Blažová, Bartík, Beljak a Loydl.

Výskum Pustého hradu v roku 2010 bol zameraný na doskúmanie sondy 3/2008 na Hornom hrade.

Na Dolnom hrade sa dokončuje sonda 4 z roku 2009 (pri západnej a východnej línii stredovekého opevnenia) a realizujú sa nové sondy 1 až 8/2010.

Nové sondy 1, 2, 7 a 8/2010 sú zamerané na výskum donjonu pred jeho obnovou (sonda 1: v interiérovej časti JV nárožia veže; sonda 2: v exteriérovej časti JV nárožia veže; sonda 7: priečny rez južným múrom veže; sonda 8: pri JZ nároží veže).

Ďalšie sondy sú umiestnené v priestore nádvoria Dolného hradu.
Sonda 3/2010 je v severnej časti nádvoria Dolného hradu a sonda 4/2010 je zameraná na výskum bráničky v severnej línii opevnenia.
Sonda 5/2010 overuje terénne nerovnosti v strednej časti nádvoria pri vstupnej bráne. Podobne sonda 6/2010, ktorá je umiestnená južnejšie od sondy 5.
Obe tieto sondy sú priečnymi rezmi v smere V-Z Dolným hradom. Pomáhajú nám tiež zorientovať sa v stratigrafii a horizontoch na Dolnom hrade.

Výskum realizuje Archeologický ústav Slovenskej akadémie vied v Nitre pod vedením PhDr. Jána Beljaka, PhD.

Na výskume participujú archeológovia:
Mgr. Noémi Pažinová, PhD., Mgr. Ondrej Žaár, Mgr. Bohuslav Šebesta (Katedra archeológie UKF v Nitre);
Mgr. Kristína Kučeráková (Katedra klasickej archeológie Trnavskej univerzity),
Dr. Martin Kvietok (KU Praha)

Stavebno - historický výskum zabezpečuje Mgr. Michal Šimkovic.
Archívno - historický výskum realizuje PhDr. Pavol Maliniak, PhD. (Katedra histórie UMB v Banskej Bystrici).
Technik archeologického výskumu Albert Loydl.